本课程介绍三种R语言的绘图工具包：plot,qplot,ggplot。三种绘图包的能够和语法均不相同。 plot命令是R语言自带的绘图命令，绘图效果简单，适宜数据分析时绘图。 qplot命令是R语言初级绘图语言包，能够提供符合出版物标准的简单绘图。得到的图形大方美观。

Lesson: Regression Models Introduction

制图：plot(jitter(child,4) ~ parent,galton)

建立回归函数：使用函数lm(linear model)，例如：

regrline <- lm(child~parent, galton)

建立回归函数之后，使用abline(add straight lines to a plot)函数将回归函数在图表中画出，例如

abline(regrline, lwd = 3, col = "red")
#lwd = line width, col = line color

画出直线之后可以使用函数summary查看回归函数的各类参数包括残差， 系数，相关系数等等。

qplot

qplot is a basic function in ggplot2 package. It provides some basic plots (e.g. points, smooth, boxplot) for users to learn their database generally.

qplot(hwy, displ, data = mpg)

qplot可调的参数有许多，如下展示


qplot(x, y, data=, color=, shape=, size=, alpha=, geom=, method=, formula=, facets=, xlim=, ylim= xlab=, ylab=, main=, sub=)

x, y, data, color, shape, size这些参数很容易理解。可以使用不同的变量实现变化。

alpha用于调节透明度。0就是全透明，1就是实心。

geom用于调节图表类型，有以下几个选项”point”, “smooth”, “boxplot”, “line”, “histogram”, “density”, “bar”, “jitter”.

point表示散点图

smooth做出拟合的曲线图

boxplot做出股价图，此处不使用自定义的最高值，最低值和平均值，而是使用fill定义group，自动计算

qplot(year,averTLO, data = gt_sum, xlab = "Year", ylab = "Land&Ocean Avg Temp", geom = c("boxplot","jitter"),fill=decade)

boxplot

line做出折线图

histogram只针对单变量的柱状分布图，纵轴为count，横轴为该单变量。

density同样只针对单变量，画出该单变量的密度分布图。纵轴为density，横轴为该单变量。

bar即为常规柱状分布图，定义两个变量,利用fill变量可以实现多种变化

qplot(factor(cyl), data=mtcars, geom="bar", fill=factor(gear))

qplot

jitter则是在x轴上产生随机变量从而避免图形重叠带来的困扰。例如

p <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy))
p + geom_point()
不用jitter散点图的效果

points withou jitter

p + geom_point(position = "jitter")
使用上jitter的效果

method和formula这两个选项是针对smooth这个选项而出现的。当smooth选项被调用，默认的拟合方法为loess。还有其他拟合方式允许被调用，如’lm’:线性拟合，’gam’:generalized additive models,”rlm”: robust regression

For example, to add simple linear regression lines, you'd specify geom="smooth", method="lm", formula=y~x. Changing the formula to y~poly(x,2) would produce a quadratic fit. Note that the formula uses the letters x and y, not the names of the variables.

For method="gam", be sure to load the mgcv package. For method="rml", load the MASS package.

cited from Quick-R

jitter

facets这个选项可以利用变量生成不同的分图，该选项的表达方式为：facets=rowvar~colvar，若rowvar或colvar不需要设置变量则用“.”代替。例如facets = .~colvar

利用coord_flip()可以将图表翻转

ggplot(diamonds, aes(color, fill=cut)) + geom_bar() + coord_flip()

ggplot_bar

需要叠加不同类型的图表是使用c指令，e.g. c("point", "smooth")

qplot(year,averT, data = gt_sum, xlab = "Year", ylab = "Land Avg Temp", geom = c("point","smooth"))

combine

xlim, ylim, xlab, ylab均容易理解 main,sub用于调节主副标题

ggplot2

ggplot采用图层式绘图方法，可根据自己的意图添加想要的图层，适合绘制复杂的大图。 下面是一个展示ggplot绘图语法的例子，其中mpg是ggplot自带的一个关于汽车品牌，性质的数据库。hwy和displ分别是mpg数据库中的字段，表示每加仑汽油行驶的里程数和汽车的排量。

>g<-ggplot(mpg, aes(hwy, displ))
>g+geom_points()+geom_smooth()

How to export a table. ``` write.table(dataframe, “pathway”)